Directeur Artistique et Musical de l'Orchestre de Chambre de Genève depuis septembre 2023, il y collabore avec des artistes tels que Matthias Goerne, Pretty Yende, Truls Mork, Vilde Frang, Pierre Fouchenneret, Sayaka Shoji, Brad Mehldau, Gabriela Montero, Nicolas Altstaedt, Dominique A, Igudesman&Joo, Jeanne Added, John Malkovich, Bernard Lavilliers, ou encore L’Ensemble Vocal de Lausanne.
Poursuivant avec passion un parcours artistique teinté d'éclectisme, de curiosité et d'engagement, il affirme en musique, dès l’enfance, ce désir de diversité : violoncelle, piano, jazz, composition, direction d'orchestre, chacune de ces disciplines, d'abord étudiées aux conservatoires de Clermont-Ferrand, Boulogne-Billancourt, au CNSMD de Paris et à la Haute École de Genève, générant ensuite une intense activité et un enrichissement mutuel.
Au sein du Quatuor Ebène (1er prix du concours international de l’ARD de Munich 2004, Victoire de la Musique, Gramophone of the year,…) Raphaël travaille avec Gyorgy Kurtag, Eberhard Feltz, Gabor Takacs, et se produit sur les plus prestigieuses scènes du globe aux côtés de Mitsuko Ushida, Nicholas Angelich, Bertrand Chamayou, Natalie Dessay, Philippe Jarroussky, Stacey Kent, Michel Portal, Martin Fröst, Antoine Tamestit, Daniel Hope, Lisa Batiashvili, Gautier et Renaud Capuçon...
Reconnu pour son ouverture sur tous les styles (pop, jazz, world), grâce notamment à des arrangements originaux, et menant une carrière tournée vers tous les publics, le quatuor est invité à jouer l’intégrale des quatuors de Beethoven en 2020 au Carnegie Hall de New York, ce qui l’amène à construire un tour du monde enregistré et filmé (dès 2019) qui veut témoigner de l’expérience intellectuelle et émotionnelle suprême que recèle ce sommet absolu de la littérature. Le Quatuor Ebène enregistre en exclusivité pour Erato/Warner Classics.
Développant en parallèle une carrière de chef d'orchestre, il fonde en 2014 « Les Forces Majeures », ensemble incluant une multitude de quatuors et quintettes constitués. C’est un électrochoc qui révèle rapidement Raphaël Merlin comme un chef à suivre; paraîtront au label Aparté un disque Rossini avec la mezzo Karine Deshayes, puis un album Offenbach-Gulda avec le violoncelliste Edgar Moreau (Erato/Warner).
C’est en résidence à Vichy, lors d’un fol été musical 2018 (Le Barbier de Séville en version scénique, Werther, 3 programmes symphoniques et une multitude de concerts en petite formation), que Raphaël Merlin emmène pour la première fois son orchestre à vélo, sur 65 km (4 concerts en une seule journée), ce qui demeurera ensuite, au travers d’un audacieux travail de sensibilisation environnementale, la pierre angulaire de l’ensemble; par la suite, Les Forces Majeures explorent dans des grandes métropoles européennes mais aussi en milieu rural ou péri-urbain divers formats de tournée à vélo, de l’orchestre ultra-léger (15 musiciens) au grand orchestre symphonique, tour-à-tour dans le grand répertoire et invitant les musiciens et publics rencontrés à les rejoindre.
Invité à diriger le Philharmonia Orchestra, l’Orchestre du festival de Lockenhaus, L’Orchestre national Avignon Provence, l’Orchestre de l’Opéra de Toulon, l'Orchestre de l’Opéra de Rouen, l’Orchestre d’Auvergne, l’Orchestre symphonique de Mulhouse, l’Orchestre de chambre Nouvelle-Aquitaine, l’Orchestre symphonique de l’Aube ou encore les orchestres Pasdeloup, Ut5, Ostinato, Raphaël Merlin voit son activité de chef intensifiée par un contact facile et fructueux.
Compositeur, ses œuvres incluent Eléa, concerto pour quatuor à cordes et orchestre créé à Cracovie et Munich en 2011 par le Quatuor Ebène et le Klangforum Mitte Europa, See : Sea & Seeds. Si !, concerto pour violoncelle et cordes (Lockenhaus Festival 2016) et Passage-Eclair, octuor mixte (Paris, 2018), tous deux enregistrés chez Alpha, Night bridge, sextuor à cordes (2017) enregistré chez Warner, Dankgesang, créé par l’Orchestre de Chambre de Genève en 2023, ou encore Tethrappy, pour quatuor à cordes : commande de Radio France créée en février 2025 par le Quatuor Ebène.
Raphaël Merlin est représenté en tant que chef d'orchestre par l'agence RSB Artists depuis 2017.